Cookøyenes flagg er basert på det tradisjonelle designet for tidligere britiske kolonier i Stillehavet. Det er et blått banner med Unionsflagget i øvre venstre hjørne og femten stjerner i sirkel på høyre side. Unionsflagget er et symbol på landets historiske bånd med Storbritannia. De femten stjernene representerer øyene som utgjør Cookøyene. Det blå representerer havet.^[1]