Under felttoget i Norge i 1940 deltok han i kampene på Ringerike og Hadeland. Lütken ble den første sjef for Milorg i Oslo[3] og ble tatt til fange av Gestapo i desember 1941.[3] Resten av krigen tilbrakte han på Grini og fra sommeren 1944 i Stutthof. Han returnerte til Norge i mai 1945 utmagret og syk.
På et møte i Oslo Militære Samfunn i 1948 ble Lütken med i ledelsen av en privat organisasjon med formål å overvåke medlemmer av Norges kommunistiske parti (NKP) og andre venstreradikale. Denne organisasjonen som også ble kalt femmannsgruppen opprettet undergrupper i hele landet. Suspekte personer ble registrert i et kartotek som Lütken oppbevarte på sitt kontor.[4] Da Stay Behind-gruppene ble opprettet ble trolig Lütkens arkiv overført til etteretningsstabens sikkerhetskontor.[4]
Han var sønn av Fredrikke Marie Scheel (1854–1940) og Oscar Martin Heidemark Lütken (1849–1917). Moren var av slekten Scheel. Selv ble Carsten gift i 1916 med Johanne Magelssen (1894–1952) og i 1935 med Karen Marie Bjørnstad (1907–93).[6]