Benedikt II (død 8. mai685) ble valgt til pave i 683 og innsatt i embetet 684. Han virket som pave til sin død året etter.
Ifølge Liber Pontificalis var han fra Roma. Han far het Johannes og var fra Savellifamilien. Som ung gutt ble det bestemt at Benedikt skulle gå inn i kirkens tjeneste, og han studerte ved en pavelig skole. Han gikk gjennom de forskjellige ordinasjoner og var i 683 prest.
Pave Leo II døde 3. juli683, og Benedikt ble valgt til pave samme måned. Han måtte vente nesten et år på at keiseren i Konstantinopel godkjente valget, noe som var nødvendig av diplomatiske årsaker. Dermed ble han ikke bispeviet og innsatt i embetet før 26. juni684.
Forgjengerne til Benedikt var gresktalende, og valget av Benedikt er blitt sett som en indikasjon på at man i Roma begynte å få økt selvtillit i forhold til keiseren. Under pave Agatho hadde det kommet i stand en forsoning mellom keiser Konstantin IV og Den hellige stol. Benedikt ba etter innsettelsen keiseren om gå med på at framtidige paver skulle godkjennes av eksarken i Ravenna, en keiserlig embetsmann, framfor at man måtte vente til bud hadde gått fram og tilbake mellom Roma og Konstantinopel. Dette gikk keiseren med på.
I perioden hvor Benedikt ventet på å bli innsatt i embetet presset han på for å få vestkirken til å anerkjenne det tredje konsil i Konstantinopel (680-81) som økumenisk konsil. Saken ble forkludret og tok lang tid og endte med at Julian av Toledo ikke gikk med på pavens tolkning av konsilets vedtak. Dermed skulle det gå ytterligere noe tid før konsilet ble formelt anerkjent i vest.
Benedikt brukte mye energi på å forsøke å omvende patriarkMakarios I av Antiokia, som var blitt fordømt som monoteletist av det tredje konsil i Konstantinopel og deretter innesperret i et kloster i Roma. Det lyktes ikke, og Makarios var fortsatt ekskommunisert ved sin død.
Han blir i Liber Pontificalis beskrevet som ydmyk og vennlig, med et stort hjerte for de fattige og presteskapet. Hans siste offentlige seremoni fant sted den 26. mars 685, da han på påskedag hedret geistlige og forfremmet flere av Romas prester og diakoner. Han gjeninnførte kirkeasylet, som i noen tid ikke hadde vært respektert av stridende parter.
Han døde i 685, kort tid etter påsken. 8. mai 685 ble han gravlagt i Peterskirken.
