Ninnis hadde tidligere vært medlem av George Nares' ekspedisjon til Arktis mellom 1875 og 1876. Han ble med Mawsons ekspedisjon særlig for å se til sledehundene. Sammen med Mawson og Xavier Mertz dro han den 10. november 1912 fra hovedbasen til for å utforske George V Land.
I det de krysset Ninnisbreen, 400 kilometer øst for basen, falt Ninnis gjennom en snødekt bresprekk og forsvant sammen med seks hunder og en slede som inneholdt mesteparten av gruppens forsyninger. Han ble aldri sett igjen. Mertz døde fire uker senere, mens Mawson kom seg tilbake til basen.
