Basilica Minore del Santo Niño i Cebu City på Filippinene ble bygd på det sted der man i 1565 fant en trefigur av Santo Niño (Jesusbarnet)[1]. Denne figuren var den 14. april 1521 gitt av Ferdinand Magellan etter hans ankomst til øya Cebu til Hara Amihan, hustruen til herskeren Raja Humabon, i forbindelse med at paret og mange av dets undersåtter lot seg døpe. Kort etter omkom Magellan i kamp på naboøya Mactan. 44 år senere gjenerobret Miguel López de Legazpi øya. Da befolkningen på stedet var fiendtlige, brente han ned deres landsby, og etablerte på området de første spanske bosettingene på Filippinene, Villa del Santísimo Nombre de Jesús og Villa de San Miguel. Skulpturen ble funnet etter ryddingen etter brannen i en svidd trekasse, og den var nesten helt uskadd.
Umiddelbart etter ankomsten i april 1565 grunnla en prest som hadde ledsaget Legazpi, fader Andrés de Urdaneta, klosteret Santo Niño, det første augustinerkloster på Filippinene. På funnstedet for skulpturen bygde så augustinerbroderen Diego de Herrera i 1566 en kirke av tre og nipa, men det ble ikke lenge etter ødelagt under en brann. I 1605 begynte man under Pedro Torres å bygge en ny kirke på samme sted. Også denne var av tre og nipa, og stod ferdig i 1626. To år etter brant også denne kirken. Allerede i samme år, 1628, begynte så Juan Medina å gjenoppbygge gudshuset. Byggematerialet var denne gang en slags adobe - noe nytt på denne tid. Men dette materialet var ikke så velegnet, for i kontakt med luft i dette fuktige klimaet begynte det å gå i oppløsning. Derfor fullførte man ikke byggingen av denne tredje kirken.
Først i februar 1735 ble så fundamentene lagt for den nåværende basilika. Det massive steinbyggverket var ferdig allerede fire år etter, i 1739. Steinene som ble benyttet, ble bragt sjøveien fra steinbrudd i Capiz og Panay til Cebu. Kirken fikk navnet San Agustin. I 1889 fikk den vinduer, og i 1965 fulgte en omfattende renovering, men uten å endre på strukturen fra 1700-tallet[2].
I 1965, i forbindelse med 400-årsminnet for fader Urdanetas ankomst til Filippinene, eleverte pave Paul VI kirken til Basilica minor.[3] Dette innebar samtidig en navneendring, til Basilica minore del Santo Niño[4]. I 1990 ble et pilegrissentrum bygget på plassen foran kirken. Her er også et museum, [5] som skildrer kristningen av Filippinene.
Trefiguren av Jesusbarnet er bevart, og er som populært pilegrimsmål utstilt i et stort solid skrin med glassvinduer i basilikaens indre. Den regnes som Filippinene eldste relikvie.[1].