Bamingui-Bangoran er et prefektur i Den sentralafrikanske republikk. Det ligger nord i landet og grenser til prefekturene Ouaka, Nana-Grébizi, Vakaga og Haute-Kotto. Det grenser også til landet Tsjad i nord.
Verdensarvstedet Manovo-Gounda St. Floris nasjonalpark ligger innenfor prefekturet.
Bamingui-Bangoran er delt inn i to underprefekturer.