Han har også utviklet en roterende ventilator som er vanlig på skip og mange andre innretninger, men denne ble samtidig også beskrevet av finnen Savorius, og det er usikkert hvem som har æren for utformingen. Flere av disse ventilatorene produseres av det engelske firmaet Flettner Ventilator Ltd.
Under første verdenskrig arbeidet Flettner under grev Zeppelin med fjernstyring av raketter og førerløse fly ved hjelp av line. I denne tiden utviklet han trimror/servoror.
Etter første verdenskrig ledet han et forskningsinstitutt i Amsterdam som forsket innen aerodynamikk og væskestrømning.
I 1920-årene kjøpte han en skonnert og utstyrte den med to roterende 15-meters sylindre som utnyttet Magnuseffekten til fremdrift, rotorseil. Denne skonnerten krysset Atlanterhavet i 1926. Den seilte bedre enn tradisjonelle seilfartøyer i moderat til kraftig vind, men ble ødelagt i en storm i 1931.
Under andre verdenskrig ledet han det tyske firmaet «Anton Flettner, Flugzeugbau GmbH» som bygde helikoptre. Han hadde kontakt med Heinrich Himmler om helikopterutviklingen. Flettners kone, Lydia Freudenberg Flettner, var jøde. Himmler sørget for at en lavere tysk offiser med soldater eskorterte henne og hennes familie til Sverige der hun var resten av krigen.
Flettner samarbeidet med dr. Kurt Hohenemser, en dyktig og grundig ingeniør som utviklet deler til helikoptrene. Hans far var jødisk, men de levde hele krigen uten internering siden de arbeidet med helikopterutvikling. Hohenemser og Flettner fastholdt at rotor- og gir-opplegget til de doble rotorene som roterte inne i hverandres bane, var så komplisert å sette sammen at ingen andre kunne montere det. Dette ble en flaskehals i produksjonen som hindret helikopteret FL282 Flettner Kolibri i å få særlig militær betydning under krigen.
Etter krigen flyttet Flettner til USA der han startet Flettner Aircraft Corporation som utviklet helikoptre for militært bruk. Flere av hans ideer preger Kaman-helikopterne.
Anton Flettner døde 76 år gammel 29. desember 1961.
Fly med Flettnerrotorer
Modell av Flettner-helikopter 282 med to rotorer
Trimror/servoror
Katamaran med rotorseil (Flettnerrotor) for fremdrift
Enercon sitt skip E-Ship 1 med fire rotorseil, bygget i 2018