Han ble også apostolisk internuntius til Panama den 21. september1923[5] og vedvarte samtidig som ansvarlig for Sentral-Amerika.
Den 9. mai 1925 utnevnte pave Pius ham til apostolisk delegat til Tyrkia.[6]
Nuntius til Ungarn
Den 20. mars 1930 utnevnte pave Pius ham til det apostoliske nuntiatur i Ungarn,[7] en stilling han innehadde i femten år.
Som pavelig nuntius og representant for pave Pius XII i Ungarn protesterte erkebiskop Rotta iherdig mot Ungarns fremferd mot jødene, og hjalp paven med informasjoner og råd som førte til at paven direkte oppfordret Ungarns leder admiral Horthy til å innstille de pågående deportasjoner av jødene.[8] Ifølge holocausthistorikeren Martin Gilbert tok Angelo Rotta som De Hellige Stols (Vatikanets) øverste representant i Budapest ledelsen for å opprette «en internasjonal ghetto», med flere dusin moderne boligblokker dit et stort antall jøder - etter hvert 25.000 - ble bragt for sin beskyttelse. Dette var mens pilkorsbander kjeppjaget og angrep jøder ute på gatene. I disse bygninger anbragte ikke bare Pavestolen, men også de sveitsiske, svenske, portugisiske og spanske legasjoner sine diplomatiske emblemer.[9]
Erkebiskop Rotta gikk i samforståelse med Vatikanet i gang med å utstede beskyttelsespass til jødiske konvertitter. Rotta var på dette tidspunkt 72 år gammel, og på grunn av sin høye alder overlot han den praktiske iverksettelsen av Pavens instruksjoner om å distribuere passersedler, falske pass og dåpsattester til jøder til sin 38-årige assistent msgr. Gennaro Verolino.[10] Det pavelige nuntiatur utstedte etterhvert 15.000 pass, og erkebiskop Rotta fikk de funksjonærer som utstedte dokumentene om ikke å granske for nøye mottagernes dokumentasjon om trostilhørighet for inngående.[11] En Røde Kors-representant spurte om, og fikk uten videre fra Rotta med hans velsignelse, allerede signerte identitetspapirer in blanco, for distribusjon blant syke og til folk på flukt fra Pilkors-partiets pøbel.[12]
Rotta oppfordret ungarske kirkeledere til å hjelpe deres «jødiske brødre», og utsendte fader Tibor Baranszky til å skynde avsted til dem tvunget ut på marsjer og distribuere vatikanske immunitetsdokumenter til så mange jøder som bare mulig.[11]
Den 15. november 1944 etablerte den ungarske regjering «den store ghetto» for 69.000 jøder, mens ytterligere 30.000 jøder utstyrt med beskyttelsesdokumenter kom seg til den internasjonale ghettoen.[11] Den 19. november 1944 protesterte Vatikanet sammen med de fire andre nøytrale makter - Sverige, Spania, Portugal og Sveits - kollektivt nok en gang og krevde at deportasjonene av jøder måtte innstilles.[12] Regjeringen gav etter, og forbød «dødsmarsjene». Men på dette tidspunkt rådet det nærmest anarki i Budapests gater, og den 21. november fortsatte deportasjonene. Pilkorsveldet fortsatte med sine voldsorgier, foretok raid inn i den internasjonale ghetto og myrdet jøder der selv mens sovjetiske styrker rykket stadig nærmere byen. Rotta og Wallenberg var blant de få diplomater som forble i Budapest under disse forhold. Etter den sovjetiske innmarsj i byen ble Wallenberg grepet og bragt til Moskva, hvorfra han aldri ble løslatt. Gilbert skriver at av de 150.000 jøder som var i byen ta tyskerne grep makten i mars 1944, overlevde nesten 120.000 - 69.000 fra Den store ghetto, 25.000 i den internasjonale ghetto, og ytterligere 25.000 som skjulte seg i kristne hjem og religiøse institusjoner rundt om i Budapest.[13]
Bulgaria
Erkebiskop Rotta hadde samtidig diplomatiske oppdrag i Bulgaria. Derfra berget han mange bulgarske jøder ved å utstede dåpsattester for dem (uten at de ble døpt) og passérsedler, og organisere reiser for dem til Palestina.
Etterkrigstiden
Erkebiskop Rotta fortsatte i Den romerske kuries tjeneste etter verdenskrigen, og ble pensjonert fra Vatikanets diplomatiske tjeneste i 1957. Han deltok i høy alder i noen sesjoner av Annet vatikankonsil.
