Han fikk opplæring av faren som var kirkemaler, men studerte seinere historiemaleri ved kunstakademiet i München under innflytelse av landsmannen Franz Defregger og den franske maleren Jean-François Millet. I 1899 flyttet han til Wien. Etter 1900 utviklet Egger-Lienz sin formelle kunststil i en ekspressiv, monumental retning påvirket av den sveitsiske symbolisten og jugendmaleren Ferdinand Hodler. 1911-1912 var han professor ved kunstskolen i Weimar og tjente seinere som krigsmaler under den første verdenskrig. I 1918 takket han nei til et professorat ved akademiet i Wien og slo seg ned i Sør-Tirol.
Av verkene hans kan nevnes den gripende krigsskildringa «Korset» (i Innsbruck) og «Kong Etzels inntog i Wien» (i Wien). «Bordbønnen» og «Middagsmåltidet» er typisk for den forenklede, folkelige kunsten han utviklet seinere i karrieren. Han er representert i Leopold Museum i Wien.
Eksempler på malerier
Der Totentanz von Anno Neun («Dødsdans i år ni», 1906-1908)
Almlandschaft im Ötztal (1911)
Finale (1918)
Die Schnitter (Die Bergmäher bei aufsteigendem Gewitter) (ca. 1922)