I 1907 kom Bjerknes attende til universitetet i Christiania før han vart professor i geofysikk ved universitetet i Leipzig i 1912. I 1917 planla han og organiserte den meteorologiske verksemda på Geofysisk Institutt ved Bergen Museum, som nyleg var grunnlagd av Bjørn Helland-Hansen. I Bergen skreiv han boka On the Dynamics of the Circular Vortex with Applications to the Atmosphere and to Atmospheric Vortex and Wave Motion (1921). Frå 1926 til han gjekk av i 1932 var han professor ved Universitetet i Oslo.