Sør-Orknøyane vart oppdaga i 1821 av dei to selfangaraneNathaniel Brown Palmer og George Powell. Øyane fekk opphavleg namnet Powell's Group, medan hovudøya fekk namnet Coronation Island fordi det var året kong Georg IV vart krona (coroniation på engelsk). I 1823 vitja James Weddell øyane og gav øygruppa det noverande namnet etter Orknøyane i Skottland. Han gav òg nye namn til somme av øyane i gruppa. Sør-Orknøyane ligg omtrent like langt sør som Orknøyane ligg mot nord (60 °S og 59 °N), men ein veit ikkje om dette var grunnlaget for namnet øyane fekk.
Øyane vart sidan ofte vitja av sel- og kvalfangarar, men det vart ikkje gjort skikkelege landmålingar før ekspedisjonen til William Speirs Bruce på «Scotia» i 1903, som overvintra på Laurie Island. Bruce kartla øyane og fjerna nokre av namneendringane som Weddell hadde gjort. Han oppretta ein vêrstasjon, som vart seld til Argentina då han forlet staden i 1904. Denne basen, som fekk namnet Orcadas i 1951, er framleis i drift. Det er dermed den eldste forskingsstasjonen i Antarktis som har vore i kontinuerleg drift.
Eit frimerke frå 1944 frå Falklandsøyane med påtrykk for bruk på Sør-Orknøyane.
Det argentinske kravet på øyane går attende til 1925. Det vart opphavleg rettferdiggjort av at argentinarane hadde vore på Laurie Island i lengre tid og vart sidan utvida til eit større territorialkrav.[3]
Inaccessible Islands ligg kring 15 nautiske mil vestover og vert òg rekna som ein del av Sør-Orknøyane.
Klimaet på Sør-Orknøyane er generelt kaldt, vått og vindfullt. Somrane er korte og kalde (desember til mars) med ein middeltemperatur kring 2 °C. Om vinteren fell temperaturen til kring -10 °C (juli). Det varmaste som er målt er 12 ºC og det kaldaste er -44 ºC. Havområdet kring øyane er isdekt frå seint i april til november.
