Meisterligaen 1999 var den 7. årgangen av den viktigaste turneringa for europeiske fotballklubbar; UEFAChampions League. Den engelske klubben Manchester United vann turneringa den 26. mai 1999 på Camp Nou i Barcelona gjennom å vinne 2-1 over tyske Bayern München. Marco Basler gav Bayern leiinga allereie i det 6. minutt. Heilt i sluttminuttane utlikna fyrst Teddy Sheringham, før Ole Gunnar Solskjær styrte ballen i nettet etter hjørnespark frå venstre.
Manchester United tok dermed sin fyrste siger i Meisterligaen, 31 år etter at klubben vann i Europacupen.