Karlen Mkrttsjan (fødd 25. november 1988 i Jerevan i Armenia) er ein armensk fotballspelar som har spela på midtbanen for Pjunik i den armenske fotballigaen, og for det armenske landslaget.
Mkrttsjan har vorte seriemeister i Armenia med Pjunik i 2007, 2008 og 2009. Han debuterte for Armenia sitt A-landslag 2. februar 2008 i ein bortekamp mot Malta.
