Sælen var fødd i Lindås, faren var gardbrukar og byggmeister. I 1863 flytta familien til garden Sælen i Birkeland sokn i Fana. Ivar Sælen var elev ved Sogndalsfolkehøgskule vinteren 1874-75. Frå 1877 var han gardbrukar på Sælen.
Han var i mange år medlem av heradsstyret i Fana, nokre år også ordførar.
Sælen var stortingsmann frå Søndre Bergenhus amt 1900-06, og var 1. vararepresentant for krinsen Midhordland 1910-12. Frå 1900 var han medlem av budsjettkomiteen, deretter frå 1903 medlem av justiskomiteen. Atter medlem av justiskomiteen i perioden 11.2.1910-19.2.1912, då han møtte i staden for Wollert Konow (SB).
Sælen var kyrkje- og undervisningsminister frå 6. mars 1923 til han hausten same året døydde i Kristiania.