Hans Edvard Wisløff fekk i desember 1926 den første prestestillinga si som hjelpeprest i Oppegård, som då var anneks under Nesodden. Han busette seg på Kolbotn våren 1927. I tida her er han kjent som han som starta det første kyrkjelydsbladet i Follo, som kom ut med første nummer 15. desember 1928 og vart distribuert av frivillige 10 gonger i året. Han vart i Oppegård til 14. oktober 1932. I denne tida var det ikkje eiga kyrkje på Kolbotn, så ein brukte bedehuset Heimen som interimskyrkje. Dette bedehuset var opphavleg ein møbelfabrikk som Indremisjonen kjøpte i 1921, og som Hans Edvard Wisløffs far, generalsekretær Johan M Wisløff saman med prost Nils Alstrup Dahl hadde innvigd til bedehus og interimskyrkje same år.
Prest i Tøyenkirken
Hans Edvard Wisløff etterfølgde Ragnar Forbech som prest i Tøienkirken frå oktober 1932. Ho vart kalla småkyrkje og hadde hatt legendariske Michael Hertzberg som den første presten sin, denne kyrkja som er vorte kalla Noregs første arbeidskyrkje. Hertzberg hadde sett i gang eit omfattande sosialt arbeid, Wisløff var meir ein evangelist i sin arbeidsform. I tida hans var det store vekkingar i fleire forsamlingar i Oslo, òg i Tøyenkirken. Mange av dei som la ned mykje arbeid her, budde på andre stader i byen, men byrja å gå i forsamlinga på grunn av presten si forkynning. Dette kunne føre til at andre trekte seg unna når truskollektivet vart for dominerande, seier professor Knut Lundeby i boka Troskollektivet. En studie i folkekirkens oppløsning i Norge. (Universitetsforlaget 1987). Han fortel òg at Wisløff engasjerte folk til å dele ut kyrkjelydsbladet i bydelen. Men forsamlinga var så liten og det var så mange som ville vere med på denne aktiviteten, at til slutt hadde dei nesten berre ein oppgang kvar.
Residerande kapellan i Trefoldighet
1940 vart H. E. Wisløff utnemnd til blir res. kap. i Trefoldighets forsamling i Oslo sentrum. Dette var den forsamlinga som Indremisjonsselskapets hovudkontor i Staffeldts gate høyrde inn under. Kontakten hans med organisasjonen vart sterk, ikkje berre fordi han var son til den aldrande generalsekretæren, men òg fordi han skreiv ei rekkje artiklar i For Fattig og Rik. I dei åra han hadde teneste her, pågjekk andre verdskrigen, og frå 1942 la prestane ned embeta sine. H. E. Wisløff, som var landsstyreformann i Den norske Santalmisjonen og vigd det vervet var vorte vald til leiar i Organisasjonenes Fellesråd, vart medlem av Kristent Samråd, som var ei gruppe på sju menn som organiserte og leda kyrkjekampen. Han var òg medlem av Den mellombels kyrkjeleiinga, som etter 1942 hadde leda Den norske kyrkja etter at denne hadde nekta å gå inn under nazistisk styre.
Trefoldighetskyrkja er den største kyrkja i Oslo. Wisløff var ein predikant som samla fulle hus i det store kyrkjerommet, akkuart som han hadde gjort i Tøyenkirken. Då han vart nekta å bruke kyrkja, flytta han gudstenestene til Indremisjonsselskapet sin bibelskule og fortsette der til han vart forvist frå Oslo og måtte bu i Moss, noko som gjorde det vanskeleg for han å gjennomføre prestetenesta i Trefoldighet.
Generalsekretær i Indremisjonsselskapet
Frå 1945 til 31. august1954 var H. E. Wisløff generalsekretær i Indremisjonsselskapet. Han overtok stillinga etter faren sin, Johan M Wisløff, på bakgrunn av eit einstemmig kall frå selskapet sitt hovudstyre under føresetnad av at det berre skulle vere for ein kort periode. Men det vart nesten 10 år i Indremisjonsselskapets Hus i Staffeldts gate 4 i Oslo sentrum. I den same tida var han òg redaktør for bladet til organisasjonen For Fattig og Rik. Han var mykje ute og reiste, men skjøtta òg administrasjonen ved hovudkontoret med det som i ettertid er vorte kalla «mønstergyldig orden».
Sokneprest i Markus forsamling
H. E. Wisløff vart utnemnd til sokneprest i Markus forsamling i Oslo i 1954, og tenestegjorde der fram til han vart biskop i Sør-Hålogaland bispedøme i 1959.
Biskop i Bodø
Før Wisløff vart utnemnd til biskop i Bodø, hadde han vore på tale som biskop heile sju gonger. Protokollkomiteen i Stortinget oppsummerer dette etter at han heller ikkje vart biskop i Agder i 1957:
«Komiteen vil imidlertid henlede oppmerksomheten på at H.E. Wisløff nå har vært på tale hele 7 ganger ved bispevalg, 2 ganger har han stått som nr. 5 i stemmetall, 1 gang som nr. 4, 2 ganger som nr. 3, 1 gang som nr. 2 og en gang som nr. 1.»
Wisløff var ein populær forfattar av andakts- og bønebøker. Han har skrive fleire bøker; nokre av dei er berre hefte, men svært mange av bøkene hans er kome i fleire opplag. Mest utbreidd er Stille stunder på veien hjem, som hadde seld i 130.000 eksemplar til 2004, men som kom i nytt opplag i 2006.
Legender 1927
Kun et skritt 1933
Aldri alene 1935
Under de signende hender 1935
I klippens kløft 1936
Gud er kjærlighet 1937
Fatt nytt mot 1938
Tøienkirken 1938
Veien til et frigjort liv 1939
Nød og nåde 1940
Såret for våre overtredelser 1941
Herren har bruk for deg 1944
Mennesker på flukt. Tanker omkring profeten Jonas' bok 1945