Al-Ubeidiya er kalla opp etter St. Theodosius («Ibn Ubeid» på arabisk), som bygde og vart gravlagd i eit kloster 1 km vest for byen, kjend som St. Theodosius-klosteret. Det vart opphavleg bygd på 400-talet, og Theodosius vart gravlagd der i 520. Det noverande bygget vart reist av krossfararar på 1100-talet. Mar Saba-klosteret, som vart bygd av St. Sabbas i 484, ligg lenger aust, men innafor kommunegrensa. Det ligg òg eit romersk basseng i sentrum av al-Ubeidiya som vart nytta av romarane i Palestina for å samle vatn.[3]
Osmansk tid
Området vart, som resten av Palestina, ein del av Det osmanske riket i 1517. I 1596 stod Al-Ubeidiya oppført i osmanske skattelister, kalla Dayr Bani 'Ubayd, som ein del av Al-Quds nahiya i Al-Quds liwa. Han hadde eit folketal på 42 hushaldningar og 6 ungkarar, alle muslimar. Dei betalte skattar for kveite, bygg, tilfeldige inntekter, geiter og/eller bikubar.[4]
I 1863 vitja den franske oppdagaren Victor Guérin staden, som han kalla Deir Dosi, og skildra ruinane av klosteret.[1] I 1883 skildra Palestine Exploration Fund landsbyen i Survey of Western Palestine som Kh. Deir Ibn Obeid og «ruinar av ein moderne landsby».[5]
Det britiske mandatet
I folketeljinga i 1922, utført av Dei britiske mandatstyresmaktene, hadde Ibaidiyeh ein muslimsk folkesetnad på 2 000, 880 menn og 1 120 kvinner.[6] I folketeljinga i 1931 hadde El Ubeidiya 1 187 innbyggjarar, framleis alle muslimar, 610 menn og 577 kvinner.[7]
Dauphin, Claudine (1998). La Palestine byzantine, Peuplement et Populations. BAR International Series 726 (på fransk). III : Catalogue. Oxford: Archeopress.
Hütteroth, Wolf-Dieter; Abdulfattah, Kamal (1977). Historical Geography of Palestine, Transjordan and South Syria in the Late 16th Century. Erlanger Geographische Arbeiten, Sonderband 5. Erlangen, Tyskland: Vorstand der Fränkischen Geographischen Gesellschaft. ISBN3-920405-41-2.