Terug in Polen ontpopte Podkowiński zich tot een der eersten die er werkten in de stijl van het impressionisme. De expositie van zijn werk in Warschau in 1890 markeerde het begin van het impressionisme aldaar. Hij schilderde vooral landschappen en tuinmotieven in lichte, soms sterk contrasterende en divisionistisch ontlede kleuren. Ook maakte hij portretten. Zijn laatste werken vertonen ook tendensen van het symbolisme, met Frenzy in extase als bekendste voorbeeld. Frenzy in extase toont een naakte roodharige vrouw op een wild paard. Van het schilderij is wel gezegd dat het een vrouwelijk orgasme verbeeldde. Het was zeer spraakmakend toen het in maart 1894 geëxposeerd werd in de Warschause Zachęta.
In 1890 behoorde Podkowiński tot de grondleggers van de beweging Jong Polen, die sterk het l'art pour l'art principe propageerde. Hij leed aan tuberculose en overleed in 1895, nog geen 29 jaar oud. Veel van zijn werken zijn thans te zien in het Nationaal Museum te Krakau en het Nationaal Museum te Warschau.