De vlag van Benthuizen is op 23 juli 1962 bij raadsbesluit vastgesteld als de gemeentevlag van de Zuid-Hollandse gemeente Benthuizen. De vlag kan als volgt worden beschreven:

Drie banen van gelijke hoogte van groen, wit en blauw.

De kleuren van de vlag zijn ontleend aan het gemeentewapen.

Op 1 januari 1993 is Benthuizen opgegaan in de gemeente Rijnwoude. De vlag is daardoor als gemeentevlag komen te vervallen. Na opheffing van de gemeente Rijnwoude op 1 januari 2014 valt Benthuizen onder de gemeente Alphen aan den Rijn.

• 
  Het wapen van Benthuizen
• 
  De vlag van Sierra Leone