Röthlin is afgestudeerd als elektronica-tekenaar en gediplomeerd fysiotherapeut. Hij begon met het trainen van langere afstanden, nadat hij ontevreden was na een negentiende plaats op de Europese kampioenschappen in 1998 in Boedapest op de 10.000 m.
Viktor Röthlin won de marathon van Zürich in 2004 en 2007. In 2004 en 2006 werd hij verkozen tot Zwitsers atleet van het jaar. In 2007 liep hij op de marathon een Zwitsers record van 2:08.20. Op 17 september 2005 won hij de Greifenseelauf in 1:03.23.
Op de WK van 2007 in Osaka kwam Röthlin opnieuw uit op de marathon. Met nog 2,5 km te gaan had hij nog drie lopers voor zich. Hij finishte als derde en behaalde hiermee dus een bronzen medaille. Het jaar 2008 begon hij voortvarend met het winnen van de marathon van Tokio. Met een tijd van 2:07.23 versloeg hij de JapannerArata Fujiwara (2:08.40) en de KeniaanJulius Gitahi (2:08.57).