Het seizoen 2006-2007 begon rampzalig. Sparta haalde uit de eerste negen wedstrijden slechts één punt. Hierna brak een sterke periode aan: acht van de twaalf volgende wedstrijden werden gewonnen, waaronder een zege op Ajax (3-0). Na de winterstop waren de resultaten minder. Tweedejaars trainer-coach Wiljan Vloet bekritiseerde de inzet van zijn elftal, dat hij beschreef als een "uitgeknepen citroen".
Toch sprokkelde de ploeg genoeg punten bij elkaar om vanaf de 33ste competitieronde niet meer voor degradatie te hoeven vrezen. Het seizoen werd afgesloten met een 13de plaats. In het bekertoernooi verloor de club in de achtste finales van RKC Waalwijk, zij het pas na verlenging: 2-3. Topscorers van het seizoen werden Sjaak Polak en Haris Medunjanin, beiden met zeven doelpunten.
In de play-offs om deelname aan de Intertoto Cup verloor Sparta over twee duels van NEC Nijmegen. Op de 1-1 in Rotterdam volgde op 13 mei 2007 in Nijmegen een 2-1 overwinning voor de ploeg van trainer Mario Been. Sparta opende halverwege de score door een kopbal van Danny Schenkel uit een hoekschop. NEC kwam in de 36ste minuut langszij door Peter Wisgerhof, waarna Patrick Pothuizen in de 60ste minuut met een rake kopbal uit een hoekschop de eindstand bepaalde op 2-1.