Hij was een Braziliaans verdediger die 52 interlands voor het Braziliaans voetbaleftal speelde en twee keer scoorde. Hij was ook onderdeel van de Braziliaanse selectie dat het wereldkampioenschap in 2002 won. Roque Júnior is een van de weinige spelers die zowel de CONMEBOL Libertadores als de UEFA Champions League wist te winnen.