Naast het feit dat Ceni een degelijke doelman was, die bekendstond om zijn reflexen en het stoppen van strafschoppen, is hij ook de doelman met de meeste doelpunten op zijn naam. Op 20 augustus 2006 scoorde hij in de Série A tegen Cruzeiro uit een vrije trap zijn drieënzestigste doelpunt, waarmee hij José Luis Chilavert passeerde, die tot tweeënzestig doelpunten kwam gedurende zijn loopbaan. Opmerkelijk was dat dit doelpunt viel, enkele minuten nadat Cruzeiro een strafschop gestopt zag worden door dezelfde Rogerio Ceni, hetgeen dus tot 0–3 had kunnen leiden. Later in dezelfde wedstrijd scoorde Ceni zelf nogmaals, nu uit een strafschop (zijn vierenzestigste) waardoor de wedstrijd in 2–2 eindigde.
Zijn eerste doelpunt maakte hij op 15 februari 1997. Het record van meest benutte strafschoppen is ook in handen van Ceni. Voorheen stond dat op naam van René Higuita, de excentrieke Colombiaanse doelman die in zijn loopbaan zevenendertig strafschoppen wist te verzilveren.
Eind 2007 werd Ceni in Rio de Janeiro voor de tweede keer op rij gehuldigd als Speler van het Jaar in de Campeonato Brasileiro Série A. De doelman werd dat seizoen met zijn club São Paulo tevens voor het tweede opeenvolgende jaar landskampioen. Daarbij had hij met negentien tegentreffers het minste aantal tegendoelpunten. Rogerio Ceni bereikte op 27 maart 2011 een mijlpaal door zijn honderdste doelpunt te scoren uit een vrije trap. In december 2015 beëindigde hij zijn voetbalcarrière, met uiteindelijk meer dan twaalfhonderd officiële wedstrijden en honderdtweeëndertig doelpunten. Nog altijd staat Ceni in de top tien van topschutters aller tijden voor de club, een unicum voor een doelman.
Trainerscarrière
In 2017 was Ceni enkele maanden hoofdtrainer van São Paulo. Van september 2019 tot november 2020 was Ceni hoofdtrainer van Fortaleza, maar vertrok in diezelfde maand nog als hoofdtrainer naar Flamengo. Op 10 juli 2021 werd Ceni bij Flamengo ontslagen, ondanks het feit dat hij de landstitel won. Op 13 oktober werd Ceni opnieuw aangesteld als hoofdtrainer van São Paulo.