Na de oorlog ging hij op 13 juli 1848 als luitenant bij de dragonders van het 2nd Cavalry Regiment. In 1849 ging hij opnieuw rekruten ronselen. Van 1849 tot 1850 keerde hij terug naar Carlisle Barracks. Daarna bewaakte hij de grens van Texas: Fort Graham van 1852 tot 1853 en Fort McKavett van 1853 tot 1854, dan San Antonio in 1854 en opnieuw Fort McKavett in 1855.[5] Op 3 maart 1855 werd hij bevorderd tot kapitein[5] en tot 1856 was hij gestationeerd te Fort Riley in Kansas. Anderson was in Kansas gedurende de grensgeschillen. Daarna ging hij weer ronselen en in 1858 keerde hij terug naar de Carlisle Barracks. Hij vocht in de Utah War van 1858 - 1859. Van 1859 tot 1861 deed hij dienst te Fort Kearny, Nebraska.[5]
Anderson vocht in het korps van Longstreet in de Tweede Slag bij Bull Run. Zijn divisie vocht tegen de laatste verdediging van de Unie rond Henry House Hill, maar bij zonsondergang staakte hij de gevechten.
Marylandveldtocht
Tijdens de Marylandveldtocht werd de brigade van brigadegeneraal Cadmus Wilcox toegevoegd aan Andersons divisie. In september 1862 voerde hij in de Slag bij Antietam het bevel over de verzonken weg Bloody Lane in het midden van de Zuidelijke verdediging. Hij raakte gewond aan de dij en Roger Atkinson Pryor nam zijn bevel over, waarna zijn divisie ten onder ging aan flankaanvallen. In de Slag bij Fredericksburg in december kwam zijn divisie nauwelijks in actie.
In de Slag bij Gettysburg, op 1 juli 1863, naderde Andersons divisie het stadje vanuit westelijke richting. Ze arriveerden pas tegen de avond en zagen geen actie tijdens de eerste dag van de veldslag.
Op 2 juli viel Anderson het centrum aan na aanvallen van Longstreet met divisies van John B. Hood en McLaws op de rechterflank. Andersons rechterflank boekte succes tegen Andrew A. Humphreys' 3e korps langs Emmitsburg Road. Zijn centrum onder Ambrose R. Wright brak door bij de zwak verdedigde Cemetery Ridge. Carnot Posey kwam traag vooruit en William Mahone verliet niet eens zijn stelling op Seminary Ridge. Noordelijke versterkingen stopten Wright en dreven hem terug. Anderson kreeg kritiek. Op 3 juli namen zijn brigades deel aan de Pickett's Charge, maar ze werden teruggeslagen.[10]
Slag in de Wilderness
In de lente van 1864 raakte Longstreet zwaargewond in de Slag in de Wildernis en Anderson nam het bevel over het 1e korps over in de Overlandveldtocht. Daarna vocht hij in de Slag bij Spotsylvania Court House.[11] Anderson en zijn korps legden op 7 mei een geforceerde mars af om de cavalerie te steunen. Andersen hield zijn stelling van 8 tot 12 mei zodat de Noordelijken niet rond Lee naar Richmond konden.
Longstreet was op 19 oktober 1864 hersteld. Lee creëerde een nieuw, vierde korps dat Anderson leidde in het Beleg van Petersburg en de Appomattoxveldtocht naar Appomattox Court House in 1865. De Noordelijke cavalerie viel zijn korps regelmatig aan, waardoor Anderson moest vertragen en stoppen om de aanvallen af te slaan. Daardoor raakte hij geïsoleerd van Lee's leger. Hij stopte en vocht in de Slag bij Sayler's Creek op 6 april waarbij de Zuidelijken op de vlucht sloegen. [13] De overlevenden voegden zich op 8 april bij het 2e korps [14] Anderson had geen eenheden meer onder zijn bevel en keerde terug naar South Carolina.
Anderson kreeg op 27 september 1865 genade.[3]
Na de oorlog
Na de oorlog verbouwde Anderson van 1866 tot 1868 katoen te Stateburg, South Carolina, maar hij ging failliet. Hij ging dan van 1868 tot 1878 als arbeider en nadien als agent werken bij de South Carolina Railroad vanuit Camden, maar werd ontslagen. In 1879 werkte hij als inspecteur van fosfaat. [15]
Anderson trouwde in 1850 met Sarah Gibson, met wie hij een zoon en een dochter kreeg. Na haar dood hertrouwde hij met Martha Mellette op 24 december 1874.[16] Hij overleed in 1879 om 57 jarige leeftijd in Beaufort (South Carolina). Hij werd begraven op het kerkhof van St. Helena's Episcopal Church.[2]