Een conflict tussen het Federatiebestuur en Wagenaar leidde in 1985 tot een afsplitsing. Wagenaar ging alleen verder als Groep Wagenaar en richtte later een eigen partij (Anti-Revolutionairen 1985) op die bij de verkiezingen van 1986 geen succes wist te boeken. De RPF verloor in 1986 niettemin één zetel. De ene resterende zetel wist de partij bij de verkiezingen van 1989 te behouden. Beide periodes (1986-1989 en 1989-1994) zat Leerling voor de RPF in de Tweede Kamer.
Sinds 1989 hield de RPF samen met het GPV haar fractievergaderingen, wat uiteindelijk leidde tot een fusie van de partij op 13 maart 2001 tot de ChristenUnie.
De RPF streefde niet in de eerste plaats naar een meerderheid van de kiezers, maar vooral naar de handhaving en doorwerking van de beginselen die ze beleed. Daarom wordt de RPF ook wel een getuigenispartij genoemd.
Haasdijk, Theo, Woning gezocht. Een beschrijving van de Reformatorische Politieke Federatie, niet-gepubliceerde doctoraalscriptie Universiteit Leiden (Leiden 1985)
Mulligen, Remco van, 'Tussen evangelisch en reformatorisch. Het politiek getuigenis van de RPF' in: J. Hippe en G. Voerman, Van de marge naar de macht. De ChristenUnie 2000-2010 (Amsterdam 2010) 31-50.