In 1952 startte hij zijn eigen bedrijf in Los Angeles. Koenig gebruikte stalen geraamtes en industriële technologie om zijn eigen stijl te ontwikkelen. Belangrijke thema's in zijn architectuur zijn de natuurlijke expressie van de materialen zonder ornamenten, en het economische en efficiënte van zijn bouwwerken. Zo spendeerde hij veel aandacht aan de kostprijs van gebouwen en aan energieverbruik.
Hij was het meest bekend door zijn ontwerp van het Case Study House nummer 21 (Bailey Huis, 1956-1958) en 22 (Stahl Huis, 1960) en andere woningen met een stalen basisconstructie. Nummer 21 en 22 zijn beide gebouwd op erg onherbergzame terreinen in de buurt van Los Angeles.
Koenig slaagde er goed in om met geprefabriceerde materialen (lichtgewicht stalen constructies) een verantwoord huis te bouwen dat modern én goedkoop was.
Enkele belangrijke ontwerpen
Koenig Huis te Glendale, 1950
Bailey Huis te Los Angeles, 1956-1958 voorbeeld van Case Study House nr. 21
Stahl Huis te Los Angeles, 1960 voorbeeld van Case Study House nr. 22
