De eerste minister voor Vreemdelingenzaken en Integratie was Hilbrand Nawijn (Lijst Pim Fortuyn; juli-oktober 2002, in demissionaire status oktober 2002-mei 2003).
Bij het aantreden van het tweede kabinet Balkenende nam Rita Verdonk deze functie over. Ten gevolge van een motie van afkeuring die op 13 december 2006 werd aangenomen over het kabinetsbesluit om een door de Tweede Kamer aangenomen motie over een generaal pardon voor asielzoekers niet uit te voeren, besloot het kabinet om de portefeuille Vreemdelingenzaken niet langer door Verdonk te laten uitvoeren. Vreemdelingenzaken werd weer ondergebracht bij de minister van Justitie, Ernst Hirsch Ballin. De portefeuille van Verdonk werd gewijzigd naar Integratie, Jeugdbescherming, Preventie en Reclassering.
Vervolgens werd minister Ella Vogelaar de minister voor Wonen, Wijken en Integratie. Het integratiebeleid werd - sinds haar aantreden - ondergebracht bij het ministerie van VROM. De justitiƫle aspecten van het vreemdelingenbeleid werden vanaf dat moment ondergebracht bij de staatssecretaris van Justitie.
In 2010 werd het oorspronkelijke ministerie (Vreemdelingenzaken en Integratie) in een nieuwe vorm teruggebracht, namelijk als de minister voor Immigratie en Asiel. Vanaf 14 oktober 2010 was Gerd Leers minister voor Immigratie en Asiel in het kabinet-Rutte.
Op 16 december 2011 kreeg Leers Integratie bij zijn portefeuille, wat eerder onder de minister van Binnenlandse Zaken viel.