Siegenbeek had een opleiding gevolgd tot predikant. Aanvankelijk was hij voorganger bij de doopsgezinden in Dokkum. Hij was slechts 23 jaar oud toen hij in 1797 de aanstelling verwierf van buitengewoon hoogleraar aan de Leidse universiteit, twee jaar later omgezet in een gewoon hoogleraarschap. Zijn leeropdracht luidde Nederlandse taal- en letterkunde, welsprekendheid en (vanaf 1815) vaderlandse geschiedenis. Vanaf 1803 was hij lid, later secretaris, van het hoofdbestuur van de letterkundige faculteit van de universiteit. Ook was hij in de periode 1822 - 1847 voorzitter en daarna erelid van de Maatschappij der Nederlandse Letterkunde.
Siegenbeek was van mening dat de spelling de beschaafde Hollandse uitspraak van een woord moest weergeven. Daarbij moest echter wel rekening gehouden worden met de principes van de gelijkvormigheid, de etymologie en de analogie. Aan de spelling-Siegenbeek heeft het huidige Nederlands de schrijfwijze van de lange-ij als in ijzer te danken, eerder ook vaak als yzer geschreven. Kenmerkende schrijfwijzen voor deze spelling zijn bijvoorbeeld berigt, blaauw, Dingsdag, gooijen, magt, kagchel, koningrijk, muzijk en zamen.
Werken
Redevoering over het openbaar onderwijs in de Nederduitsche welsprekendheid , 1797
Verhandeling over de Nederduitsche spelling ter bevordering van de eenparigheid in dezelve, 1804
Letterkunst voor de jeugd , 1805
Woordenboek voor de Nederduitsche spelling, 1805
Proeve eener dichterlijke vertaling van de Ilias van Homerus, 1807
Betoog van den rijkdom en de voortreffelijkheid der Nederlandsche taal, en opgave der middelen om de toenemende verbastering van dezelve tegen te gaan, 1810
Leerredenen, 1814-20
Over de middelen ter vorming van een Nationaal Tooneel, 1817
Beknopte Geschiedenis der Nederlandsche Letterkunde, 1826
De eer van Wagenaar, als historieschrijver, en die van Jacoba van Beijeren, tegen Mr. W. Bilderdijk, in zijne geschiedenis des vaderlands, verdedigd door Matthijs Siegenbeek, 1835
Dichterlijke zedelessen voor de jeugd, 1844
Literatuur
Jan Noordegraaf: De ‘Maatschappij’ en haar grammatici. In De Nieuwe Taalgids 68 (1975), 121-124. [1].
Jan Noordegraaf: Norm, geest en geschiedenis. Nederlandse taalkunde in de negentiende eeuw. Dordrecht & Cinnaminson: Foris, 1985.
Rob Naborn, De Spelling-Siegenbeek (1804), Master's thesis, VU University Amsterdam, 1985.