Magdalena van Beieren (München, 4 juli 1587 — Neuburg an der Donau, 25 september 1628) was van 1614 tot aan haar dood vorstin van Palts-Neuburg. Ze behoorde tot het Huis Wittelsbach.

Magdalena was de jongste dochter van hertog Willem V van Beieren en Renata van Lotharingen, dochter van hertog Frans I van Lotharingen.

In 1607 werd ze verloofd met aartshertog Matthias van Oostenrijk, die met dit huwelijk Beierse ondersteuning wilde bereiken voor de twist met zijn broer, keizer Rudolf II. In 1608 werden deze huwelijksplannen afgeblazen door haar broer Maximiliaan I, die niet betrokken wilde geraken bij interne Oostenrijkse problemen.

Uiteindelijk huwde Magdalena op 11 november 1613 in München met erfprins Wolfgang Willem van Palts-Neuburg (1578-1653). Door dit huwelijk hoopte haar broer Wolfgang Willem te bekeren tot het katholicisme. Het echtpaar werd na het huwelijk door Magdalena's schoonvader Filips Lodewijk van Palts-Neuburg als stadhouders naar Gulik-Kleef-Berg gestuurd. Op dat moment voerde Filips Lodewijk een successieoorlog over deze hertogdommen met keurvorst Johan Sigismund van Brandenburg.

Nadat Wolfgang Willem in mei 1614 zijn vader opvolgde als vorst van Palts-Neuburg, bekeerde hij onder de invloed van zijn echtgenote tot het katholicisme. Als gevolg werd de Contrareformatie doorgevoerd in Palts-Neuburg en kon Magdalena Wolfgang Willem overtuigen een pro-Beierse politiek te voeren.

Het huwelijk tussen Magdalena en Wolfgang Willem werd als zeer gelukkig beschouwd. In september 1628 stierf ze onverwacht op 41-jarige leeftijd. Magdalena werd bijgezet in de vorstelijke crypte van de jezuïetenkerk van Neuburg.

Magdalena en Wolfgang Willem kregen een zoon:

• Filips Willem (1615-1690), hertog van Palts-Neuburg