Macromoleculen kunnen vaak in verschillende stereo-isomere vormen voorkomen. Verschillende stereoisomeren hebben een verschillende functionaliteit. Bij het onderzoek naar macromoleculen is van oudsher sprake van een scherpe tweedeling tussen in het organisme aangemaaktebiologische en in het laboratorium aangemaaktesynthetische macromoleculen.
De samenstellende delen (monomeren) van macromoleculen beschikken wel over gemeenschappelijke structuurelementen, maar kunnen toch een grote verscheidenheid aan functionaliteiten bezitten.
Voor eiwitten en DNA geldt dat de volgorde van de monomeren cruciaal is voor de functionaliteit van het geheel.
Synthetische macromoleculen
Bij de bestudering van synthetische macromoleculen is de chemische structuur en vervolgens de technische toepassing belangrijk.
De samenstellende monomeren zijn vaak identiek of met slechts kleine onderlinge verschillen.
Als macromoleculen al uit meerdere soorten monomeren zijn opgebouwd (de copolymeren), is de volgorde daarvan meestal niet cruciaal voor het chemische karakter van de stof.