In 1822 steunde hij de kroning van Iturbide tot keizer van Mexico, die hem benoemde tot gouverneur van Jalisco, en schafte tijdens die periode onder andere de slavernij af. Quintanar had na de val van het keizerrijk zitting in de grondwetgevende conventie van 1823-1824 en werd militair bevelhebber van Jalisco. Hij werd van die post ontheven nadat hij verdacht werd van een monarchistische samenzwering, en werd als bevelhebber opgevolgd door José Joaquín de Herrera. Vervolgens dreigde de staat Jalisco met onafhankelijkheid, en Herrera slaagde er niet in Quintanar uit diens post te ontzetten. Deze ontrusten leidden ertoe dat de grondwetgevende conventie besloot het territorium Colima van Jalisco af te splitsen. In 1824 werd Quintanar door Nicolás Bravo alsnog verdreven en in Mexico-Stad gevangengezet, maar kreeg korte tijd later amnestie van president Guadalupe Victoria.