Motl kwam in opspraak door controversiële politieke uitspraken en keerde terug naar Pilsen.
Hij schreef in 2008 L'équation Bogdanov in het Frans over de wetenschappelijke ideeën van de gebroeders Bogdanov.
Hij heeft The Elegant Universe van Brian Greene vertaald naar het Tsjechisch en schreef Pěstujeme lineární algebru over lineaire algebra.[6]
Weblog
Hij schrijft een wetenschappelijke weblog "The Reference Frame: Supersymmetric world from a conservative viewpoint", waarin hij snaartheorie verdedigt.
Op 11 januari 2016 meldde “The Reference Frame” als eerste dat het LIGO experiment de samensmelting van twee zwarte gaten van elk tien zonnemassa's had vastgesteld.[7][8][9] De officiële bevestiging van deze eerste waarneming van zwaartekrachtgolven volgde een maand later.