Neeson trouwde in 1994 met Natasha Richardson en kreeg net haar twee zoons: Daniel en Micheál.
Richardson kwam om bij een ski-ongeluk in Canada op 18 maart 2009. Micheál is net als zijn vader acteur en draagt de achternaam van z'n moeder als eerbetoon aan haar.
Neeson heeft meerdere uitingen over de Amerikaanse en Ierse politiek gedaan, zoals tegen het Amerikaanse beleid rondom vuurwapens, waarop de fabrikant Para-Ordance hem boycotte.