Volgens de Habsburgse traditie werden lichaam, hart en ingewanden afzonderlijk van elkaar begraven. Voor de laatste keer gebeurde dit in 1878, bij de begrafenis van aartshertogFrans Karel. Traditie is ook dat bij een keizerlijke begrafenis de rouwstoet stil staat voor de dichte deur van de grafkelder. De ceremoniemeester klopt op de deur en hoort de vraag: "Wie verlangt binnen te treden?", waarop hij antwoordt: "Zijne Apostolische Majesteit de Keizer." Er volgt de volgende reactie "We kennen hem niet!", waarna opnieuw op de deur moet worden geklopt. "Wie verlangt binnen te treden?" "Zijne Majesteit de Koning." Er volgt dan dezelfde reactie "We kennen hem niet!", wordt nogmaals geklopt. Dezelfde vraag wordt dit keer beantwoord met "Een arme zondaar", waarop de deur wordt geopend.
In de Kapuzinergruft ligt slechts één niet-Habsburger begraven: gravin Karoline Fuchs-Mollard, oorspronkelijk kindermeisje, maar later vertrouwelinge van Maria Theresia. Tot 1940 lag hier ook Napoleon II, de enige zoon van Napoleon Bonaparte en Marie Louise van Oostenrijk. Zijn lichaam werd echter in 1940 op bevel van Adolf Hitler overgebracht naar de Dôme des Invalides in Parijs.
Begraven personen
In de Kapuzinergruft zijn 146 mensen begraven, van sommigen is er enkel het gecremeerde hart aanwezig. Onder deze 146 lichamen zijn twaalf keizers en achttien keizerinnen.
De keizerlijke crypte is onderverdeeld in verschillende kleinere cryptes met elk een eigen naam. In deze cryptes liggen de lichamen van de Habsburgse familie.
Grondleggerscrypte (Gründergruft)
De Gründergruft is het oudste gedeelte van de keizerlijke crypte, ze werd samen met de kerk in 1632 voltooid en ligt onder de keizerlijke kapel boven in de kerk. In deze crypte staan de twee sarcofagen van de grondleggers van de dynastie van Habsburg in Oostenrijk.
Keizer Matthias, keizer van het Heilige Roomse Rijk, koning van Bohemen en Hongarije (24 februari 1557 – 20 maart 1619) (Zoon van keizer Maximiliaan II)
Anna van Tirol, keizerin van het Heilig Roomse Rijk (4 oktober 1585 – 14 december 1618) (echtgenote van keizer Matthias)
Leopoldscrypte (Leopoldsgruft)
De Leopoldsgruft werd in 1657 gebouwd onder het schip van de kerk door Leopold I als gevolg van het edict van zijn vader Ferdinand III dat zei dat deze crypte de begraafplaats zou worden van de keizerlijke familie. Leopold I werd samen met zijn drie vrouwen en zestien kinderen begraven in deze crypte waardoor er snel meer nodig zouden zijn.
Maria Anna van Spanje, keizerin van het Heilig Roomse Rijk (18 augustus 1606 – 13 mei 1646) (Eerste vrouw van Ferdinand III)
Maria Leopoldina van Oostenrijk, keizerin van het Heilige Roomse Rijk (6 april 1632 – 7 augustus 1649) (Tweede vrouw van Ferdinand III)
Eleonora Gonzaga, keizerin van het Heilige Roomse Rijk (18 november 1630 – 6 december 1686) (Derde vrouw van Ferdinand III)
Ferdinand IV van Hongarije, Rooms koning en koning van Bohemen en Hongarije (8 september 1633 - 9 juli 1654) (Zoon van Ferdinand III en Maria Anna van Spanje)
Marie, aartshertogin van Oostenrijk (Dood geboren op 13 mei 1646) (Dochter van Ferdinand III en Maria Anna van Spanje) (Mee begraven in de tombe van haar moeder)
Claudia van Oostenrijk, keizerin van het Heilig Roomse Rijk (30 mei 1653 - 8 april 1676) (Tweede vrouw van keizer Leopold I) (Enkel het hart, haar lichaam ligt in de Dominicanenkerk in Wenen)
Marie-Theresia van Oostenrijk, aartshertogin van Oostenrijk (22 augustus 1684 – 28 september 1696) (Dochter van Leopold I en Eleonora van Palts-Neuburg)
In de oostelijke muur van de Leopolds crypte zijn twaalf nissen gebouwd in 1960, in deze nissen werden twaalf sarcofagen van kinderen bijgezet die voordien in de Grondleggerscrypte lagen. Er staan nu geen namen meer op de nissen maar in deze crypte liggen de volgende kinderen begraven.
Theresia Maria Jozef, aartshertogin van Oostenrijk (27 maart 1652 – 26 juli 1653) (Dochter van Ferdinand III en Eleonora Gonzaga)
Ferdinand Jozef Aloïs, aartshertog van Oostenrijk (11 februari 1657 – 16 juni 1658) (Zoon van Ferdinand III en Eleonora Gonzaga) (Zijn ingewanden zijn begraven in urne 22 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen).
Ferdinand Wenzel, aartshertog van Oostenrijk (28 september 1667 – 13 januari 1668) (Zoon van Leopold I en Margaretha Theresia van Spanje) (Zijn ingewanden zijn begraven in urne 25 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen).
Johan Leopold, aartshertog van Oostenrijk (Dood geboren op 20 februari 1670) (Zoon van Leopold I en Margaretha Theresia van Spanje) (Zijn ingewanden zijn begraven in urne 27 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen).
Maria Anna, aartshertogin van Oostenrijk (9 februari 1672 – 25 februari 1672) (Dochter van Leopold I en Margaretha Theresia van Spanje) (Haar ingewanden zijn begraven in urne 28 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen).
Anna Maria Sophia, aartshertogin van Oostenrijk (11 september 1674 – 21 december 1674) (Dochter van Leopold I en Claudia van Oostenrijk) (Haar ingewanden zijn begraven in urne 30 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen).
Marie Jozef Clémentine, aartshertogin van Oostenrijk (11 oktober 1675 – 11 juli 1676) (Dochter van Leopold I en Claudia van Oostenrijk) (Haar ingewanden zijn begraven in urne 32 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen en haar hart staat in een gouden en zilveren urne op het graf van haar moeder in de Dominicanenkerk in Wenen).
Maria Margaretha, aartshertogin van Oostenrijk (22 juli 1690 – 22 april 1691) (Dochter van Leopold I en Eleonora van Palts-Neuburg) (Haar ingewanden is begraven in urne 34 en haar ingewanden in urne 35 in de hertogelijke crypte van de Stephansdom in Wenen)
Het eerste deel van de Karlsgruft werd gebouwd door Keizer Jozef I in 1710 en werd later uitgebreid door keizer Karel VI en ligt onder het koor van de kerk.
Amalia Wilhelmina van Brunswijk-Lüneburg, keizerin van het Heilig Roomse Rijk (21 april 1673 - 10 april 1742) (Echtgenote van Jozef I) (Enkel het hart, haar lichaam is begraven in het klooster van de Salesianen in Wenen)
Keizer Karel VI, aartshertog van Oostenrijk, Rooms keizer, koning van Bohemen, Hongarije, Sardinië, Napels en Sicilië, hertog van Parma, Piacenza en Teschen (1 oktober 1685 - 20 oktober 1740) (Zoon van keizer Leopold I en Eleonora van Palts-Neuburg)
De drie bestaande crypten (Karlsgruft, Leopoldsgruft, Gründergruft) bevatten in 1754 de 44 lichamen en 2 urnen met harten van de Habsburgers. In 1754 begon keizerin Maria Theresia met de uitbreiding van de Keizerlijke crypte en de bouw van de Maria-Theresien-Gruft. Deze crypte ligt achter de kerk en de koepel ervan ligt onder de binnenplaats van het klooster, de crypte bevat in totaal de graven van 16 personen.
Isabella van Parma, aartshertogin van Oostenrijk (31 december 1741 - 27 november 1763) (Eerste echtgenote van Jozef II)
Maria Josepha van Beieren, keizerin van het Heilige Roomse Rijk (30 maart 1739 – 28 mei 1767) (Tweede echtgenote van Jozef II)
Marie Theresia, Aartshertogin van Oostenrijk (20 maart 1762 – 24 januari 1770) (Dochter van Jozef II en Isabella van Parma)
Maria Christina, aartshertogin van Oostenrijk (Doodgeboren op 22 november 1763) (Dochter van Jozef II en Isabella van Parma)
Franscrypte (Franzensgruft)
In 1824 waren er 78 lichamen en 3 harten begraven in de keizerlijke crypte. In dat jaar begon keizer Frans II aan de uitbreiding van de crypte en aan rechtervleugel van de Maria Theresien Gruft werd er een achthoekige crypte voor 5 graven bijgebouwd, onder de kloostergang.
Keizer Frans II, keizer van het Heilige Roomse Rijk daarna keizer van Oostenrijk (als Frans I), koning van Bohemen en Hongarije (12 februari 1768 - 2 maart 1835) (Zoon van Leopold II) (Enkel het lichaam is hier begraven, het hart is begraven in de Herzgruft (Harten crypte) van de Augustijnenkerk in Wenen.)
Elisabeth van Württemberg, aartshertogin van Oostenrijk (21 april 1767 – 18 februari 1790) (Eerste echtgenote van Frans II)
Maria Theresia van Bourbon-Sicilië, keizerin van het Heilige Roomse Rijk en daarna keizerin van Oostenrijk (6 juni 1772 - 13 april 1807) (Tweede echtgenote van Frans II)
Caroline Augusta van Beieren, keizerin van Oostenrijk (8 februari 1792 - 9 februari 1873) (Vierde echtgenote van Frans II)
Ferdinandscrypte (Ferdinandsgruft)
De Ferdinandsgruft werd in 1842 samen met de Toskana-Gruft tegelijk met de wederopbouw van het klooster boven de grond gebouwd. Als bezoeker zie je enkel een lege kamer met twee sarcofagen maar deze crypte bevat één vierde van het totaal aantal lichamen van de volledige keizerlijke crypte. Voor 1960 waren de pilaren open en stonden de kisten op planken opgestapeld. Ook was de ruimte helemaal volgepropt met kisten. Dit werd pas minder met het gereed komen van de Frans Jozef Gruft en helemaal met de Neue Gruft. Kroonprins Rudolf en keizerin Elisabeth zijn aanvankelijk hier bijgezet.
De Nieuwe Crypte werd gebouwd tussen 1960 en 1962 tijdens de grote verbouwingen van de keizerlijke crypte om zo de 140 lichamen die er lagen meer plaats te geven. In de Neue Gruft staan er 26 sarcofagen.
Rudolf van Oostenrijk, aartshertog van Oostenrijk , Kardinaal Prins-Aartsbisschop van Olmütz (8 januari 1788 – 23 juli 1831) (Zoon van keizer Leopold II)
In 1908 lagen er al 129 lichamen in de keizerlijke crypte samen met nog 3 harten, op dat moment werd de Franz-Josephs-Gruft gebouwd ter ere van het 60-jarige jubileum van keizer Frans Jozef I op de troon. De Frans Jozefscrypte werd gebouwd samen met een kapel die ernaast staat.
De Toscaanse Crypte werd in 1842 samen met de Ferdinandsgruft gebouwd toen de 5 crypten 85 lichamen en 3 harten bevatten.
De Toscaanse Crypte bevatte vroeger meer lichamen dan de 14 die vandaag de dag aanwezig zijn, de meeste werden in de Nieuwe Crypte geplaatst of in de muren van de Ferdinandsgruft ondergebracht.