De Kalapuyatalen zijn niet nauw verwant met andere talen. Wel is verondersteld dat ze deel zouden uitmaken van de voorgestelde familie van de Penutische talen, maar de verwantschap tussen de talen in de Penutische familie is niet bewezen. Binnen deze familie zouden de Kalapuyatalen deel uitmaken van het zogenaamde Oregon Penutisch, een tak waartoe ook Alsea, Siuslaw en de Coostalen gerekend worden.