Hij was de zoon van arts Eugeen Pieter Van Nuffel (Eugène Petrus Maria Van Nuffel) en Maria Carolina Joanna Aloisia Vermylen/Vermijlen, die hem en zijn drie broers hun eerste zang- en pianolessen gaven. Tijdens zijn humaniora aan het Klein Seminarie in Mechelen kreeg hij privé-pianolessen van de latere directeur van de Stedelijke Muziekacademie, Cyriel Verelst. Hoewel Van Nuffel later ook nog lessen volgde onder meer bij Edgar Tinel, Oscar Depuydt en Alfons Desmet kreeg hij geen systematische muziekopleiding, en dient hij op muziekgebied te worden beschouwd als een autodidact. In 1907 werd hij priester gewijd door kardinaal Mercier en werd hij leraar Germaanse talen en muziek aan het Mechelse Klein Seminarie.
Hij stichtte in 1916 te Mechelen het Sint-Romboutskoor en werd in 1918 directeur van het Lemmensinstituut, dat onder zijn leiding weer opbloeide; hij stelde nieuwe docenten aan waaronder Flor Peeters en Staf Nees. Zijn compositorische arbeid nam fors toe na zijn aanstelling tot kapelmeester van het Sint-Romboutskoor. De meeste van zijn werken ontstonden dan ook als gelegenheidswerken, geschreven met het vocale potentieel van het toenmalige koor in gedachten.
Hij doceerde ook aan de Katholieke Universiteit Leuven, en lag er mee aan de basis van de oprichting van de afdeling musicologie. In 1918 werd hij directeur van het Interdiocesane Instituut voor Kerkmuziek te Mechelen, acht jaar later werd hij benoemd tot kanunnik aan het metropolitaans [kapittel] te Mechelen, en in 1936 werd Van Nuffel tot geheim kamerheer van de paus bevorderd. De composities (kerkmuziek) van Mgr. Van Nuffel verraden invloeden van Paul Hindemith en Arthur Honegger.
Hij schreef ook artikelen over muziek, met name in Musica Sacra.
Bibliografie en werken
Hij schreef ongeveer 170 composities vooral in het religieuze repertoire.
Nova organi Harmonia ad graduale juxta editionem vaticanam a rectore una cum professoribus Mechliniensis Interdioecesani Instituti musicae sacrae composita ac aptata.
Missa super Cara la vita mia quam quinque vocibus conscriptam ad fidem codicis manu scripti 15951 Bibliothecae publicae Vindobonensis
Liber quartus Motettorum quinque vocum quem ad fidem codicis typis mandatum
Missa sex vocum quam ad fidem codicis manu scripti 148 Bibliothecae municipalis Noribergensis contulit Carolus Van den Borren
Oudvlaamsche Kerstliederen
Missa : La dolce vista
Missa "Anchor che col partire", quam quatuor vocibus conscriptam ad fidem codicis manu scripti 27.089 Bibliothecae Regiae Academiae Musicae Bruxellensis
Missa "Reviens vers moi", quam quatuor vocibus conscriptam ad fidem codicis manu scripti 27.089 Bibliothecae Regiae Academiae Musicae Bruxellensi
Missa Paschalis ad duas voces aequales comitante organo
Missa in honorem S.S. Trinitatis : ad quattuor voces viriles, organo comitante : Op. 22
Missa in honorem Sacratissimi Cordis Jesu
Missa in honorem Sancti Josephi
Missa sine nomine, quam sex vocibus conscriptam ad fidem codicis manu scripti Berolinensis
Laetatus sum : Psalm 121 : für vierstimmigen gemischten Chor und Orgel
De gelijkzwevende en de ongelijkzwevende temperatuur
Duo cantus Mariani, ad quattuor voces inaequales, comitante organo . 1 :Sicut cedrus . 2 : Immaculata conceptio est hodie
Cantica sacra: Opus 13 ad IV voces aequales cum organo
Cantus in honorem Beatae Mariae Virginis : Electa mea
.svg){kind=small}
