Root werd geboren in 1850 in Lumpkin, als de zoon van Sidney Root en zijn vrouw, Mary H. Clark. Hij was vernoemd naar zijn oom Marshall Johnson Wellborn. Root groeide op in Atlanta, waar hij thuis geschoold werd.[1] Toen de Amerikaanse Burgeroorlog uitbrak, stuurde zijn vader hem en twee andere jongens met een stoomschip naar Engeland, terwijl zijn moeder en zus naar Cuthbert vluchtten.
Na zijn afstuderen nam John Wellborn Root eerst een onbetaalde baan bij de architect James Renwick, Jr. van het bureau Renwick and Sands in New York. Later nam hij een positie bij John Butler Snook in New York. In dienst van Snook werkte Root als constructie supervisor bij de bouw van het Grand Central Terminal. De architectuur van Henry Hobson Richardson heeft grote invloed gehad op het werk van John Wellborn Root.
In 1871 verhuisde Root naar Chicago, waar hij een baan kreeg als tekenaar bij een architectenbureau. Daar ontmoette hij Daniel Burnham en twee jaar later, in 1873, richtten de twee jonge mannen een eigen bureau op genaamd Burnham and Root; ze werkten 18 jaar samen.[2] Tijdens de economische crisis in 1873 verdiende Root bij met baantjes bij andere bureaus en als organist bij de First Presbyterian Church.
Root ontwikkelde nieuwe constructietechnieken, om een fundering te creëren zodat hoge gebouwen niet weg zouden zakken in de moerassige bodem van Chicago. De eerste keer dat Root gebruik maakte van deze revolutionaire technieken was bij het Montauk Building in 1882. Later verplaatste hij het gebruik van de stalen constructie naar de verticaal dragende muren in het Phenix Building uit 1887, naar voorbeeld van het Home Insurance Building van William Le Baron Jenney uit 1885.
John Wellborn Root werkte aan het plan voor de World's Columbian Exposition in Chicago. Dit werd niet meer tijdens zijn leven gestructureerd.
Huwelijk, familie en overlijden
Root trouwde in 1879 met Mary Louise Walker, maar ze stierf zes weken later als gevolg van tuberculose. In 1882 hertrouwde hij met Dora Louise Monroe (de zus van Harriet Monroe). Hun zoon John Wellborn Root, Jr. werd later ook werkzaam als architect in Chicago.