Boyne studeerde aan de Universiteit van Dublin en de Universiteit van Norwich waar hij de Curtis Brown Prijs won. Tijdens zijn tijd in Dublin werd zijn eerste werk gepubliceerd. Om in zijn onderhoud te voorzien werkte hij overdag in de boekhandelketen Waterstone's, terwijl hij tot laat in de avonden aan zijn boeken werkte.
John Boyne schreef tot nu toe dertien romans voor volwassenen, zeven romans voor jongeren en een verhalenbundel. Zijn boeken zijn in meer dan vijftig talen uitgegeven.
Zijn bekendste boek De jongen in de gestreepte pyjama werd een bestseller. Wereldwijd zijn er meer dan 7 miljoen exemplaren van verkocht. Het boek is in 2008 verfilmd (The Boy in the Striped Pyjamas) en kwam in Nederland in januari 2009 in de bioscopen.
In november 2008 verscheen de Nederlandse vertaling van Mutiny on the Bounty, getiteld De Scheepsjongen. Het vertelt het verhaal van de reis van het schip The Bounty dat onder leiding van kapitein William Bligh naar Tahiti vaart om loten van de broodboom te halen en deze vervolgens te transporteren naar de Britse koloniën in het Caribisch gebied. Daar zouden deze bomen vruchten moet leveren als voedsel voor de slaven. Er breekt echter een muiterij uit op het schip en de kapitein en een deel van de bemanning worden overboord gezet in een sloep. Het verhaal wordt verteld door de hoofdpersoon, John Jacob Turnstille, de scheepsjongen aan boord van The Bounty.
In mei 2009 verscheen Boynes zevende roman: The House of Special Purpose. In het jaar 2014 bracht hij Stay Where You Are and Then Leave uit, een roman over een zoon die zijn vader zoekt tijdens WOI. In november 2015 verscheen het jeugdboek De jongen op de berg. In 2022 verscheen All the Broken Places, in Nederland is de verschijningsdatum 4 oktober 2022 onder de titel Toen de wereld brak. Het is het vervolg op De jongen met de gestreepte pyjama.
Bibliografie
Romans
2000: Dief van de tijd (The Thief of Time )
2001: The Congress of Rough Riders (Weidenfeld & Nicolson)
2004: Crippen (Penguin)
2006: Next of Kin (Penguin)
2008: De scheepsjongen (Mutiny on the Bounty)
2009: Het winterpaleis (The House of Special Purpose)
2011: De witte veer (The Absolutist)
2013: Het Victoriaanse huis (This House Is Haunted)