Van 1887 tot 1889 nam hij als zoöloog deel aan een wetenschappelijke expeditie naar Midden-Sumatra met als doel het in kaart brengen van het stroomgebied van de Hari en het onderzoeken van de natuur en de bevolking. Deze door het Koninklijk Nederlands Aardrijkskundig Genootschap (KNAG) georganiseerde tocht stond onder leiding van luitenant-ter-zee J. Schouw Santvoort; andere deelnemers waren D.D. Veth (zoon van de KNAG-voorzitter P.J. Veth) en A.L. van Hasselt. Over deze expeditie heeft hij later een boek geschreven.
Bij een latere KNAG-expeditie in 1884/1885 in Angola, waaraan Snelleman zelf niet deelnam, kwam D.D. Veth door uitputting om het leven waarna Snelleman samen met P.J. Veth een boek schreef over deze ontdekkingsreiziger en diens expeditie in Zuidwest-Afrika. Later zou Snelleman meewerken aan een serie van 3 boeken geschreven door P.J. Veth met de titel Java, geographisch, ethnologisch, historisch.
Van de vierdelige Encyclopaedie van Nederlandsch-Indië was het eerste deel in 1896 verschenen onder redactie van P.A. van der Lith. Snelleman begon aan deze encyclopedie mee te weken vanaf het tweede deel heeft (1899) en het volgende deel (1902) verscheen onder gezamenlijke redactie van Van der Lith en Snelleman. Na het overlijden van Van der Lith in maart 1901 kwam het laatste deel (1905) tot stand onder redactie van alleen Snelleman.
In 1901 werd Joh. F. Snelleman, zoals zijn naam vaak geschreven werd, in Rotterdam directeur van het Ethnologisch Museum van Rotterdam (later Museum voor Land- en Volkenkunde en sinds 2000 Wereldmuseum Rotterdam) en het Maritiem Museum "Prins Hendrik" die vanaf 1885 nauw samenwerkten. Begin 1915 vroeg hij als museumdirecteur ontslag aan vanwege gezondheidsproblemen waarna hij in augustus van dat jaar op 63-jarige leeftijd werd opgevolgd door J.W. van Nouhuys.
Snelleman heeft naast boeken ook veel artikelen geschreven vooral betreffende de Nederlandse koloniën. Bovendien behoorde hij tot de redactie van het tijdschrift De West-Indische Gids waarvan Benjamins in 1919 een van de oprichters was.
Huwelijken
Zijn eerste vrouw overleed in 1899 waarna hij nog twee keer hertrouwde. Zijn laatste echtgenote was 35 jaar jonger dan Snelleman zelf.
Bibliografie (incompleet)
Hermann Schlegel, 1884
Bijdragen tot de kennis der fauna van Midden-Sumatra - deel 1, 1887, samen met andere geleerden
Daniël Veth's reizen in Angola, voorafgegaan door eene schets van zijn leven, 1887, bewerkt door P.J. Veth en Joh. F. Snelleman
Industrie des Cafres du Sud-Est de l'Afrique. Collection recueillie sur les lieux et notice ethnographique par H.P.N. Muller, Description des objets représentés par J.F. Snelleman, 1892, samen met H.P.N. Muller
Encyclopaedie van Nederlandsch-Indië, deel 2 (1899) als medewerker, deel 3 (1902) onder redactie samen met P.A. van der Lith, deel 4 (1905) onder redactie van Joh. F. Snelleman
Bijdragen tot de kennis der fauna van Midden-Sumatra - deel 2, 1892, samen met andere geleerden
De volken der aarde (2 dln.). Amsterdam: Scheltema en Holkema's Boekhandel, 1903
'Siermotieven van de Geelvinckbaai', in: Elsevier's Maandschrift 16, 1906, pp. 252-256
Encyclopædie van Nederlandsch West-Indië, 1914-1917, redactie H.D. Benjamins en Joh. F. Snelleman
Scheepvaart-musea en Rotterdamsche toestanden, 1916