Farre nam deel aan de Frans-Duitse Oorlog (1870-1871) waar hij zich onderscheidde door zijn verzet tegen de Duitsers. Aan het begin van de oorlog was hij directeur van de vestingwerken bij Arras. Na de val van het Tweede Franse Keizerrijk in september 1870 kreeg hij van de nieuwe Regering van Nationale Verdediging(Gouvernement de la Défense Nationale) de opdracht de legers in de noordelijke departementen te reorganiseren. Hiervoor werd hij tot brigadegeneraal bevorderd. Het opperbevel in de noordelijke departementen bleef echter in handen van generaalCharles-Denis Bourbaki, maar Farre werd zijn stafchef. Toen Bourbaki op 19 november echter het bevel kreeg over legereenheden in het zuiden van Frankrijk, werd Farre benoemd tot bevelhebber van drie zwakke divisies in het noorden, belast met de verdediging van Arras. Op 27 november zag Farre zich echter genoodzaakt om zich terug te trekken voor de oprukkende troepen van de Duitse generaal Edwin von Manteuffel. Op 3 december werd Farre onder het bevel van generaal Louis Faidherbe. Tot het einde van de oorlog bleef hij stafchef van Faidherbe.