De kortstlevende isotoop van zirkonium is 110Zr, met een halfwaardetijd van ongeveer 30 milliseconden. De langstlevende is 96Zr, met een halfwaardetijd van 20 triljoenjaar.[1]De facto kan dit nuclide eveneens als stabiel worden beschouwd, omdat de halfwaardetijd honderden miljoenen malen groter is dan de leeftijd van het universum. Op aarde is zirkonium-96 een primordiaal nuclide, hetgeen impliceert dat het reeds bestond toen de aarde gevormd werd. Het vervalt via dubbel bètaverval tot de stabiele isotoop 96Mo.[2] Theoretisch gezien zou het ook enkel bètaverval kunnen ondergaan (met een halfwaardetijd van 0,24 triljard jaar), waarbij de radio-isotoop 96Nb wordt gevormd. Dit proces is echter nog niet waargenomen.[3]
Zirkonium-93
Zirkonium-93 is de op een na stabielste radio-isotoop van het element, met een halfwaardetijd van 1,53 miljoen jaar. Het vervalt tot niobium-93m, een isotopisch isomeer van de stabiele isotoop niobium-93. Niobium-93m bezit een halfwaardetijd van veertien jaar.[4]
Zirkonium-94
De isotoop 94Zr wordt ervan verdacht via een dubbel bètaverval te vervallen tot de stabiele isotoop 94Mo. Zirkonium-94 heeft een halfwaardetijd van meer dan 110 biljardjaar en kan dus de facto als stabiel worden beschouwd.