Het chemisch elementstikstof met een atoommassa van 14,0067(2) u, bezit twee stabiele isotopen14N en 15N. De laatste is vrij zeldzaam: slechts 0,36% van het op Aarde voorkomende stikstof komt voor als deze isotoop. Isotopenvervanging door 15N wordt wel toegepast in het ontrafelen van infrarood spectra van organische en biologische verbindingen en in de toepassing van NMR. Naast de stabiele isotopen zijn er nog 15 bekende radio-isotopen.
13N is een radio-isotoop die gebruikt wordt in positronemissietomografie (PET). De halveringstijd ligt onder de 10 minuten, zodat de isotoop op locatie moet worden gemaakt. Vaak wordt dit gedaan met een cyclotron. De isotoop wordt gebruikt om ammoniamoleculen te labelen. 13N speelt tevens een rol in de Koolstof-stikstofcyclus, de belangrijkste vorm van energieproductie in sterren met een temperatuur in de kern van meer dan 18 miljoen kelvin.