Hugo Frederik Nierstrasz was de jongste van vijf kinderen van de Rotterdamse notaris Richard Hendrik Nierstrasz (1825-1886) en diens tweede echtgenote Johanna Sophia Petronella Beijerman (1841-1875).
Hij was leraar biologie in Amersfoort en van 1904 tot 1910 doceerde hij ook zoölogie aan de universiteit van Utrecht en de Rijks Veeartsenijschool aldaar. In 1910 volgde hij Hubrecht op als hoogleraar zoölogie, vergelijkende anatomie en zoögeografie aan de Utrechtse universiteit.
Het wetenschappelijke werk van Nierstrasz handelde hoofdzakelijk over de morfologie en de systematiek van de weekdieren die tijdens de Siboga-expeditie verzameld waren.
Nierstrasz was gehuwd met de Amsterdamse Bernardina Cornelia Huijser van Reenen. Hij overleed in 1937 tijdens een vakantie in het Zwitserse Walenstadt.[3]