Davis benoemde hem vanaf 1 januari1864 tot minister van Justitie, wat Davis bleef tot op het einde van de oorlog in april1865. In deze functie kwam hij geregeld in conflict met gouverneur van North Carolina Zebulon Vance. Na de oorlog zat Davis korte tijd gevangen, maar hij kon zijn advocatenpraktijk hernemen. Hij gaf vele lezingen over diverse culturele en historische onderwerpen en overleed in 1896.