Pfenninger was professioneel wielrenner van 1954 tot 1972. Hij was vooral succesvol als zesdaagsewielrenner. Hij heeft in totaal uit 181 starts in zesdaagsen, 33 eindoverwinningen in deze wedstrijden op zijn naam staan en neemt hiermee 13e plaats in op de lijst van meeste overwinningen. Van deze 33 overwinningen heeft hij er 19 samen met Peter Post behaald.
Hij is ook driemaal winnaar geworden van het Europees Kampioenschap koppelkoers (madison) op de baan; in 1962 samen met Klaus Bugdahl en in 1964 en 1967 samen met Peter Post. In 1960 werd de als uitstekend sprinter bekendstaande Zwitser Europees Kampioen Omnium.
