Francisco Hernández de Toledo (La Puebla de Montalbán (Toledo), 1514 – Madrid, 28 januari 1587) was een Spaans natuuronderzoeker en arts in dienst van de Spaanse koning.

Hernández studeerde botanie en medicijnen aan de Universiteit van Alcalá en was een van de eerste wetenschappers die de Nieuwe Wereld (Amerika) bezocht, op zoek naar geneeskrachtige planten. Hernández deed zich ook als ornitholoog kennen.