Hartert was tussen 1892 tot 1929 de conservator vogels van het zoölogisch museum van Lionel Walter Rothschild in Tring. Een decennialange vriendschap - ondanks hun verschil van inzicht over het begrip soort en de indeling van dieren - verbond hem met de diersystematicusOtto Kleinschmidt.
Samen met Rothschild publiceerde hij tussen 1894 en 1929 het museumtijdschrift Novitates Zoologicae. Hij was de auteur van Die Vögel der paläarktischen Fauna (De vogels van de palearctische fauna). Verder schreef hij samen met F.C.R. Jourdain, N.F. Ticehurst (1873-1960) en H. Witherby (1873-1943) de List of British Birds. In opdracht van het museum van Lord Rothschild ondernam hij reizen naar India, Afrika en Zuid-Amerika. In 1930 keerde Hartert terug naar Berlijn, waar hij in 1933 stierf.
Hartert beschreef 12 vogelgenera en 164 vogelsoorten die nog steeds op de 2023 IOC World Bird List prijken, waarvan 33 soorten samen met Rothschild.[1] Hieronder zijn bijvoorbeeld de waaierstaartraaf (Corvus rhipidurus), sularupsvogel (Edolisoma sula), de bergbuizerd (Buteo oreophilus) en de reuzensalangaan (Hydrochous gigas).
Naast de talrijke artikelen in Novitates Zoologicae was Hartert betrokken bij de publicatie van de volgende boeken:
1891: Katalog der Vogelsammlung im Museum der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft in Frankfurt am Main
1897: Podargidae, Caprimulgidae und Macropterygidae
1897: Das Tierreich
1900: Trochilidae
1902: Aus den Wanderjahren eines Naturforschers: Reisen und Forschungen in Afrika, Asien und Amerika, nebst daran anknüpfenden, meist ornithologischen Studien
1903: Ueber die Pipriden-Gattung Masius Bp.
1910–1922: Die Vögel der paläarktischen Fauna: Systematische Übersicht der in Europa, Nord-asien und der Mittelmeerregion vorkommenden Vögel. Drie delen.
