Het seizoen 2008/09 van de BelgischeDerde Klasse ging van start op in de zomer van 2008 en de normale competitie eindigde in het voorjaar van 2009. Daarna werd nog een eindronde voor promotie en degradatie gespeeld.
Noot: KFC Verbroedering Geel was gezakt naar Derde Klasse, maar ging echter in vereffening in het tussenseizoen. De club verdween, en werd vervangen door een verliezend finalist van de degradatie-eindronde van vorig seizoen. Dit was RFC Union La Calamine, dat zo in Derde Klasse kon blijven.
Gepromoveerde teams
Deze teams waren gepromoveerd uit de Vierde Klasse voor de start van het seizoen:
In Derde Klasse A pakte K. Standaard Wetteren de eerste periodetitels. Wetteren bleef heel het seizoen bovenin strijden voor de titel, en verzekerde zich ondanks een nederlaag op de voorlaatste speeldag van de titel, toen ook de enig overgebleven concurrent, KV Woluwe-Zaventem, niet kon winnen.
In Derde Klasse B stond KV Turnhout het hele jaar bovenaan en pakte ook de twee eerste periodetitels. Op de 28ste speeldag was Turnhout ook zeker van eindwinst in zijn reeks.
Noot 1:RRC Péruwelz streed aanvankelijk mee bovenin, maar de voetbalbond ontnam de club in december 26 punten wegens het opstellen van Freddy Bula. De speler was niet meer aangesloten bij de bond omdat de optie in zijn contract wel gelicht was, maar RRC Péruwelz de voetbalbond niet op de hoogte had gebracht. Aan elke wedstrijd waarin de speler was opgesteld werd een forfaitscore toegekend, wat voor sommige clubs ook 3 punten extra opleverde. RR Péruwelz vocht deze beslissing nog aan, maar halverwege mei werd dit ontvankelijk maar ongegrond verklaard. Het puntenverlies bleef, waardoor Péruwelz in degradatiegevaar kwam.
Noot 2:SC Wielsbeke en RRC Péruwelz eindigden met evenveel punten. Een testmatch moest beslissen of Wielsbeke of Péruwelz 14de zouden worden en wie zo naar de degradatie-eindronde moeten.
In een voorronde moesten normaalgezien K. Diegem Sport en KRC Mechelen spelen voor een plaats in de eindronde. K. Diegem Sport kreeg echter geen licentie, en werd daarom vervangen door URS du Centre.
De winnaar van de finale promoveert naar Tweede Klasse.
Datum
Uur
Wedstrijd
Uitslag
31/05/2009
16:00
KV Woluwe Zaventem - R. Boussu Dour Borinage
0-0
07/06/2009
16:00
R. Boussu Dour Borinage - KV Woluwe Zaventem
5-1
Voor de plaatsen 3 en 4 werd nog een wedstrijd gespeeld. Wanneer er om extra-sportieve redenen bijkomende promotieplaatsen vrijkomen, heeft eerst de verliezend finalist, en vervolgens de winnaar van dit duel recht op promotie:
Datum
Uur
Wedstrijd
Uitslag
31/05/2009
16:00
ROC de Charleroi-Marchienne - KFC Vigor Wuitens Hamme
3-1
Degradatie-eindronde
De twee teams die 14de eindigden, RRC Péruwelz en RRC Hamoir, speelden een eindronde met een aantal vierdeklassers en gingen daar van start in de tweede ronde van die eindronde.