De Copa Libertadores 1963 was de vierde editie van dit continentale voetbalbekertoernooi van de CONMEBOL.

Aan deze editie namen negen clubs deel. Deelnemers waren de landskampioenen van Argentinië, Chili, Colombia, Ecuador, Paraguay, Peru en Uruguay. Uit Brazilië namen titelhouder/kampioen Santos en finalist Botafogo FR van de Taça Brasil deel. Uit Bolivia en Venezuela nam geen club deel.

Het toernooi begon op 7 april en eindigde op 11 september. De Braziliaanse club Santos prolongeerde de titel door in de finale CA Boca Juniors uit Argentinië te verslaan.

Als winnaar van deze editie speelde Santos tegen AC Milan, de winnaar van de Europacup I, in de vierde editie van de wereldbeker voetbal.

Titelhouder Santos FC was direct geplaatst voor de tweede ronde.

Team	Pnt	Pld	W	D	L	GF	GA	GD
Botafogo FR	8	4	4	0	0	5	1	4
Alianza Lima	3	4	1	1	2	2	3	−1
Millonarios	1	4	0	1	3	0	3	−3

* wedstrijd niet gespeel. Het reeds geëlimineerde Millonarios verkoos het betalen van een boete van USD 4.500 boven het afreizen naar Rio voor de wedstrijd; aan Botafogo werd de twee punten toegekend, maar geen doelpunten.

Team	Pnt	Pld	W	D	L	GF	GA	GD
Peñarol	4	2	2	0	0	14	1	13
Everest	0	2	0	0	2	1	14	−13

Team	Pnt	Pld	W	D	L	GF	GA	GD
CA Boca Juniors	6	4	3	0	1	9	6	3
Club Olimpia	4	4	2	0	2	7	10	−3
Universidad de Chile	2	4	1	0	3	7	7	0

De confrontatie Peñarol - Boca Juniors werd op 7 en 17 augustus gespeeld, Santos FC - Botafogo FR op 22 en 28 augustus.

Team #1	Totaal	Team #2	1e wedstrijd	tweede wedstrijd
Peñarol	1 - 3	CA Boca Juniors	1 - 2	0 - 1
Santos FC	5 - 1	Botafogo FR	1 - 1	4 - 0

De wedstrijden werden op 3 en 11 september gespeeld. Santos speelde zijn thuiswedstrijd in Rio de Janeiro.

3 september 1963	Santos	3 – 2	Boca Juniors	Maracanã, Rio de Janeiro Toeschouwers: 100.000 Scheidsrechter: Marcel Albert Bois (Frankrijk)
	Coutinho  2',  21' Lima  28'		43',  89' Sanfilippo

11 september 1963	Boca Juniors	1 – 2	Santos	La Bombonera, Buenos Aires Scheidsrechter: Marcel Albert Bois (Frankrijk)
	Sanfilippo  46'		50' Coutinho  82' Pelé

Santos FC 2de titel