In 1838 werd Blanchard preparateur aan dit instituut. In 1841 werd hij er assistent-natuuronderzoeker. Hij vergezelde Henri Milne-Edwards en Jean Louis Armand de Quatrefages de Breau op hun expeditie naar Sicilië met de Santa Rosalia voor onderzoek over mariene biologie.[1] In 1845 publiceerde hij zijn Histoire des insectes over de geschiedenis, gewoonten en instincten van insecten. In 1854 publiceerde hij zijn Zoologie agricole met illustraties door zijn vader, dat de schadelijke dieren beschreef met de schade die zij aan de gewassen aanrichten.
Na 1860 ging zijn zicht achteruit. In 1870 publiceerde hij les Animaux disparus depuis les âges historiques over soorten die door overbejaging uitgeroeid waren.[3] In 1880 publiceerde hij Les poissons des eaux douces de la France over zoetwatervissen in Frankrijk. In 1890 was hij blind.