Na de val de Duitse monarchieën in november 1918 weigerde zij zich gedurende de vijfjarige ballingschap van haar echtgenoot in Wieringen bij hem te voegen. Zij bleef in Berlijn wonen. De huwelijksband, een gearrangeerd huwelijk, harmonisch maar niet hecht omdat Wilhelm tal van affaires had, overleefde de ballingschap niet. Er kwam geen scheiding maar de echtgenoten leefden apart. Cecilie woonde met haar kinderen op Cecilienhof, het voor haar tijdens de Eerste Wereldoorlog gebouwde landhuis in Engelse stijl te Potsdam.
In de jaren 1930 heeft Cecilie geprobeerd om de opkomende nazi-beweging voor de monarchistische zaak te winnen. Hitler leek toeschietelijk maar verbood na zijn benoeming tot Rijkskanselier de monarchistische organisaties. De bedrogen Cecilie trok zich daarop terug uit de politiek en het maatschappelijk leven.
De oudste zoon van Wilhelm en Cecilie, prins Wilhelm, sneuvelde in 1940 aan het westelijke front. Toen bij de begrafenis in Potsdam spontane aanhankelijkheidsbetuigingen aan de Hohenzollerns te zien waren, bracht dat Hitler ertoe om een "Prinzenerlaß" af te kondigen waarin alle agnaten van de Duitse vorstenhuizen uit de strijdkrachten werden ontslagen.
Omdat de Russische legers in februari 1945 Berlijn naderden, moesten Cecilie en de familie van haar zoon Louis Ferdinand vluchten. Zij konden niet meer dan een paar koffers meenemen. In Bad Kissingen woonde Cecilie tot 1952 op een zolderkamer van een sanatorium. Later bewoonde zij een armoedig huisje in de omgeving van Stuttgart.
